‘十二五’期间水过滤器水体污染控制与治理科技重大专项(简称“水污染治理专项”)将强化流域系统设计，水过滤器紧密结合重点流域规划和治污工程，积极发挥地方政府作用，创新管理体制机制，培育战略性环保产业，实现‘减负修复’阶段目标。”
“水污染治理专项”在“十二五”期间的战略目标是，到2015年，太湖、巢湖、滇池和三峡库区等流域示范区，水过滤器以控制氮、磷营养盐为重点，水质提高一个等级并消除劣Ⅴ类;辽河、海河、淮河、松花江等示范流域，以控制COD、氨氮为重点，水质消除劣Ⅴ类，生态功能局部恢复;水过滤器重点示范城市的饮用水水质全面达到《生活饮用水卫生标准》要求;建成国家流域水质目标管理技术体系并业务化运行;水过滤器推动我国环保产业发展，水过滤器让水价赶上油价的现象不会发生形成环保产业产值300亿元;凝炼形成我国湖泊、河流水过滤器污染控制和城镇污水处理整装成套技术，整体提升我国流域水环境综合整治科技水平。
“十二五”时期水过滤器主要任务是重点突破流域“减负修复”关键技术，区域饮用水安全保障技术，流域水环境监控预警“业务化”运行技术;自主研发水污染治理成套工艺、技术与装备，引导和培育战略性环保新兴产业，基本全自动反冲洗过滤器建立流域水污染治理技术体系和水环境管理技术体系，支撑示范流域水质明显改善和饮用水安全保障。
为保障“水污染治理专项”顺利实施，专项将落实行政责任，调动地方参与积极性，水过滤器发挥地方政府责任主体作用;统筹实现研究体系、工程建设一盘棋，全面建立对接机制，密切与规划及工程衔接;水过滤器深入开展重点流域矩阵式管理，确保取得重大标志性成果和关键技术突破。
“十一五”期间，“水污染治理专项” 水过滤器围绕“三河三湖一江一库”等重点领域，设置了6个主题、33个项目、238个课题。截至目前，已启动32个项目、230个课题。专项启动实施以来，水过滤器在重污染行业减排、城镇污水处理、农业面源污染控制、饮用水安全净化、流域水质目标管理等关键领域取得了突破。
